서산 문수사는 1973년 충남 문화유산 발굴조사 시 발견된 문수사 금동여래좌상의 복장유물인 발원문을 통해 금동여래좌상이 1346년(고려 충목왕 2)에 조성되었고, 문수사는 적어도 고려 말 이전부터 존재한 사찰임을 알 수 있다. 이후 1619년(광해군 11)에 편찬된 「호산록」에서 사찰의 화재로 1동만 남았다는 기록 등을 통해 고찰로써의 명맥을 현재까지 유지하고 있음을 추정할 수 있다.

서산 문수사 극락보전」은 정면 3칸, 측면 3칸의 장방형 평면에 다포식 공포를 얹은 맞배지붕 형식의 불전으로 정확한 중건 시기에 대한 고증 자료는 없으나, 주요 구조부에 대한 목재 연륜연대 조사와 방사성탄소연대 분석을 통해 1630년대에 중건된 것으로 파악된다.

또한, 1728년(영조 4) 닫집을 설치했다는 ‘옹정 6년 무신’묵서 기록과 1751년(영조 27)의 중수 사실을 알 수 있는 ‘건륭 16년 신미’ 망와 명문 등의 자료들이 극락보전의 중건 시기와 중건 이후 부분적인 수리가 있었다는 것을 뒷받침 해준다.